|
|
Využití techniky AFM při studiu biologických vzorků
Khýrová, Markéta ; Smilek, Jiří (oponent) ; Slaninová, Eva (vedoucí práce)
Předmětem bakalářské práce bylo studium Gram-negativních bakterií se schopností akumulovat polyhydroxyalkanoáty pomocí mikroskopie atomárních sil. V rámci experimentální části práce byly zkoumány bakteriální kmeny Cupriavidus necator H16 a jeho mutantní kmen Cupriavidus necator PHB-4, Rhodospirillum rubrum a Halomonas halophila. Konkrétním cílem bylo optimalizovat tuto mikroskopickou metodu pro výzkum jak bakterií na vzduchu, tak živých bakterií v jejich přirozeném prostředí. Optimalizace byla provedena s ohledem na jednoduchost, časovou náročnost a reprodukovatelnost provedení měření. Pro měření na vzduchu byla zvolena imobilizace 10× zředěné bakteriální suspenze vysušením na skleněném substrátu. Skenování bylo provedeno pomocí hrotu TESPA-V2 se sníženou konstantou tuhosti v QITM módu. V rámci měření bakteriálních vzorků v kapalině byly zkoumány různé postupy imobilizace bakterií na skleněném substrátu pomocí Poly-L-lysinu a Poly(ethyleniminu). Jako nejvhodnější fixace byla zvolena metoda s využitím Poly-L-lysinu. Pro měření v QITM módu v kapalném prostředí byly voleny hroty MLCT – A nebo SNL – B s konstantou tuhosti okolo 0,1 N/m. Nakonec byl proveden pokus o zisk informací o adhezi a Youngově modulu vysušených i živých bakterií s ohledem na předpokládané ovlivnění mechanických vlastností buněk s rozdílným obsahem polyhydroxybutyrátu u bakteriálních kmenů Cupriavidus necator H16 a Cupriavidus necator PHB-4.
|
|
|
Využití mikroskopie atomárních sil při morfologické a fyzikálně-chemické analýze mikrobiálních buněk a buněčných komponent
Blaňka, Ondřej ; Smilek, Jiří (oponent) ; Slaninová, Eva (vedoucí práce)
Cílem bakalářské práce byla charakterizace bakteriálních buněk Rhodospirillum rubrum, které produkují polyhydroxyalkanotáty (PHA) a Rhodospirillum rubrum phaC bez schopnosti produkce intracelulárních granulí PHA pomocí mikroskopie atomárních sil. Dále byly touto metodou také charakterizovány izolované polyhydroxyalkanoátových granulí v jejich nativním stavu. Při přípravě vzorků, konkrétně pro fixaci bakteriálních buněk i izolovaných PHA granulí byl využit Poly-L-lysin, který byl aplikován na oplazmovaná podložní sklíčka při koncentraci 0,01 mg/ml. Testovaným hrotem byl hrot MLCT – A. První získanou charakteristikou byly topografické snímky buněk Rhodospirillum rubrum a Rhodospirillum rubrum phaC a izolovaných PHA granulí. Bakteriální buňky a PHA granule byly dále charakterizovány pomocí Youngova modulu. Pro jeho získání byla navrhnuta metoda, při které byly nejprve snímány celé buňky, respektive PHA granule, a následně bylo v případě buněk provedeno měření zaměřené na jednotlivá místa na buňce. Naměřená data byla nejprve vyhodnocena v softwaru JPK Data Processing pomocí Hertzova modelu aproximace dat. Toto vyhodnocení se ukázalo jako nespolehlivé, proto byla navrhnuta druhá metoda, při které se k vyhodnocení použily směrnice přímek získaných se strmých částí křivky „extend“. Jako spolehlivější měření bylo zvoleno měření celých buněk, protože u něj vycházely menší odchylky a byly získány informace o celém povrchu buňky či granule. Směrnice Rhodospirillum rubrum dosahovala hodnoty (4,5±1,5) nN/µm a pro Rhodospirillum rubrum phaC (14,1±4,4) nN/µm. Z toho byl potvrzen předpoklad, že buňky Rhodospirillum rubrum obsahující PHA granule vykazují rozdílnou tuhost oproti buňkám Rhodospirillum rubrum phaC bez přítomnosti PHA granulí. Směrnice pro izolované PHA granule byla stanovena (9,0±1,0) nN/µm. Při jejím porovnání se směrnicemi bakteriálních buněk vyplývá, že PHA granule vykazují tuhost, která se nachází v rozmezí mezi tuhostí Rhodospirillum rubrum a Rhodospirillum rubrum phaC.
|
|
|
Metody dekontaminace rekombinantních proteinů od bakteriálního lipopolysacharidu
CHARVÁTOVÁ, Lucie
V této práci byly použity tři metody dekontaminace rekombinantních proteinů od bakteriálního lipopolysacharidu s cílem zjistit, jaká metoda je nejefektivnější. Metody byly založené na dvoufázové extrakci na bázi detergentu a afinitní chromatografii. Efektivita nejúčinnější metody byla dále měřena za použití různých rekombinantních proteinů a při několika různých koncentracích proteinů. Tři různé testy, dva chromogenní a jeden fluorogenní, byly použity pro měření koncentrace endotoxinu ve vzorcích a byla vybrána nejpřesnější metoda pro měření koncentrace endotoxinu ve vzorcích.
|
|
|
Využití techniky AFM při studiu biologických vzorků
Khýrová, Markéta ; Smilek, Jiří (oponent) ; Slaninová, Eva (vedoucí práce)
Předmětem bakalářské práce bylo studium Gram-negativních bakterií se schopností akumulovat polyhydroxyalkanoáty pomocí mikroskopie atomárních sil. V rámci experimentální části práce byly zkoumány bakteriální kmeny Cupriavidus necator H16 a jeho mutantní kmen Cupriavidus necator PHB-4, Rhodospirillum rubrum a Halomonas halophila. Konkrétním cílem bylo optimalizovat tuto mikroskopickou metodu pro výzkum jak bakterií na vzduchu, tak živých bakterií v jejich přirozeném prostředí. Optimalizace byla provedena s ohledem na jednoduchost, časovou náročnost a reprodukovatelnost provedení měření. Pro měření na vzduchu byla zvolena imobilizace 10× zředěné bakteriální suspenze vysušením na skleněném substrátu. Skenování bylo provedeno pomocí hrotu TESPA-V2 se sníženou konstantou tuhosti v QITM módu. V rámci měření bakteriálních vzorků v kapalině byly zkoumány různé postupy imobilizace bakterií na skleněném substrátu pomocí Poly-L-lysinu a Poly(ethyleniminu). Jako nejvhodnější fixace byla zvolena metoda s využitím Poly-L-lysinu. Pro měření v QITM módu v kapalném prostředí byly voleny hroty MLCT – A nebo SNL – B s konstantou tuhosti okolo 0,1 N/m. Nakonec byl proveden pokus o zisk informací o adhezi a Youngově modulu vysušených i živých bakterií s ohledem na předpokládané ovlivnění mechanických vlastností buněk s rozdílným obsahem polyhydroxybutyrátu u bakteriálních kmenů Cupriavidus necator H16 a Cupriavidus necator PHB-4.
|
|
|
Modifikace borem dopované diamantové elektrody poly-L-lysinem a její vliv na elektrochemické chování dopaminu a serotoninu
Pejzlová, Michaela ; Fischer, Jan (vedoucí práce) ; Vyskočil, Vlastimil (oponent)
Tato bakalářská práce pojednává o redoxním chování dvou neurotransmiterů, dopaminu a serotoninu, na anodicky aktivované (O-terminované) borem dopované diamantové elektrodě v nemodifikovaném stavu a po pokrytí jejího povrchu poly-L-lysinem v prostředí fosfátem pufrovaného fyziologického roztoku a Neurobasalu (roztok používaný pro kultivaci neuronů). Oxidace dopaminu ve všech zkoumaných prostředích probíhá kvazireverzibilně, oproti tomu serotonin se na borem dopované diamantové elektrodě oxiduje ireverzibilně, a to na obou zmíněných typech povrchu elektrody. V případě poly-L-lysinem modifikované borem dopované elektrody dochází k poklesu proudů a posunu potenciálů k pozitivnějším hodnotám oproti O-terminované borem dopované diamantové elektrodě, kdy pro serotonin je změna mnohem výraznější než pro dopamin, a to zejména v prostředí Neurobasalu. V případě následných měření dochází k poklesu signálů obou neurotransmiterů. Pro zajištění stabilních proudových hodnot bylo v případě dopaminu dostatečné promíchávání roztoku mezi jednotlivými skeny (sr = 1,4-11,9 %, n = 5), avšak pro serotonin bylo zapotřebí elektrodu anodicky reaktivovat v H2SO4 (Eakt = +2400 mV) po dobu 5 minut (sr = 2,2 %, n = 3). Dále byl zkoumán vliv přídavku albuminu na elektrochemické chování, kdy tento způsobuje pokles voltametrických...
|
host ::
RSS.